PCR引物设计4轻松搞定实时PCR

除了为克隆基因、预测编码蛋白而需要研究基因的构成外，当前在基因组学上的努力也包括对基因组构成的研究，以分析具有结构和调控因子插入的基因。近源物种分析成为比较基因组学的主要内容，被认为是研究进化、基因功能和人类疾病的重要方法。

利用该方法分析微生物，特别是细菌的基因组，早在年就已开始识别出细菌中的保守基因和与亚种相关的毒性基因（FredricksandReiman)。这方面的进展促生了新的、大规模的检测和识别致病菌的方法。近源种PCR可以用来研究进化上相关的种，它们在基因组上有一些共同的特点，这些保守的区域可被用于在基因组水平识别新种。还可以用该技术在尚未测序的物种的基因组中扩增同源基因。

设计策略

根据多元序列比较和引物设计的一般规律来设计近源种PCR引物。通过比较少数几个大的相近序列识别出保守区域，这些区域即是近源种引物的可能结合位点。近源种的比较需要对少数大的相近序列进行精确比对，通过比对找到保守区，作为可能的近源种引物的设计位点。引物向保守区的退火可被用于在不同种中扩增同源位点（见图1)。应遵循以下步骤。

图1

1.利用多重序列比对软件如Clustal(







































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