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九大测序平台对比



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5.Helicos

6.DNANanoballarray

7.ThePacBioRSsystem

8.PGM

9.MiSeq

sanger

企业:LifeTechnology

推出时间:年发明,年第一台商业化测序仪

主流型号:XL

样品要求:PCR产物:浓度≥50ng/ul体积≥10ul;质粒:含量≥5ug;菌液:体积≥1ml。

测序原理:

双脱氧链终止法:Sanger法测序的原理就是,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)使之扩增,并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(ddNTP)使之终止。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3‘-OH基团,使延长的寡聚核苷酸选择性地在G、A、T或C处终止,终止点由反应中相应的双脱氧而定。每一种dNTPs和ddNTPs的相对浓度可以调整,使反应得到一组长几个至千以上个,相差一个碱基一系列片断。它们具有共同的起始点,但终止在不同的的核苷酸上,可通过高分辨率变性凝胶电泳分离大小不同的片段,凝胶处理后可用X-光胶片放射自显影或非同位素标记进行检测。

文库制备:无需建库,提供质粒、菌液、PCR产物等均可以

模板制备:PCR扩增

读长:-bp

测序通量:

四种测序方式的每天通量:

短片段测序36cm36minbp1,,bp/day;

快速测序36cm60minbp1,,bp/day;

标准测序36cm90minbp1,,bp/day;

长片段测序50cmminbp1,,bp/day。

(36cm指毛细管长度,36min指一次反应时间,bp指一个反应的读长;)

时间/run:36min-2hours

碱基精确度:99.%

变异检测能力(DNA重测序方面):

heterozygousinsertionsanddeletions,microsatellite,SNP,AFLP,T-RFLP,andLOHanalyses

AFLP:扩增片段长度多态性(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism),;

T-RFLP:限制性片段长度多态性(terminalrestrictionfragmentlengthpolymorphism);

LOHanalyses:杂合性缺失(LossofHeterozygosity);

成本:$95,permachine,about$4perreaction,bpperreaction,

数据格式:*.bcf;*.abl

分析软件:

数据收集软件DataCollectionv2.0(随机提供)

Managesyourinstrumentsetup,controlsinstrumentoperations,allowsreal-timedatavisualization,andperformsdiagnostics.Newfeaturesinclude:

-Auto-analysiswithGeneMapper?v3.5andSeqScape?v2.1

-FDA21CFRpart11







































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