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关于三代基因测序，你所需要知道的都在这儿
文｜徐佳熹/张佳博
一、导读：
在大部分投资者对“二代测序”（NGS）还没有搞清技术细节的情况下，“三代测序”（3GS）又火了。
6月17日，医药板块中基因测序相关标的在“三代测序技术获得重大突破”的新闻影响上出现明显涨幅，我们也接到较多投资者对相关新闻的背景及观点的询问。为此，我们结合各方面资料归纳总结了三代基因测序的发展历史、原理、优劣势，以及国内外布局的公司等（也就是说，这是篇三代测序“科普文”）。此外，我们对该英文文献部分原文进行了意译，以期能够对最新的算法和行业技术有粗浅的了解，有不符合原文意思之处，望多多海涵。
新闻背景：
中科院昆明动物研究所研究员马占山与美国马里兰大学叶承曦博士在基因测序领域的合作再次取得重要突破。合作团队近日正式发布了一款代号为Sparc的软件，针对第三代基因测序仪硬件错误率高达15%-40%的问题，研发出“基于稀疏分解的线性复杂度算法”，Sparc软件基于该新算法完成。使用测序深度为30x的PacBio数据,Sparc能够达到错误率低于0.5%；使用更具有挑战性的OxfordNanopor数据，Sparc能够达到和NGS相似的错误率。与现行方法相比，Sparc对于一致序列的计算更加准确，并且节省80%的内存和时间。这一重要突破为推进基因测序技术迈向三代技术的产业升级提供了又一关键软件技术。
总体观点：
我们认为，以Hlicos公司的Hliscop单分子测序仪、PacificBioscincs公司的SMRT技术和OxfordNanoporTchnologis公司的纳米孔单分子技术为代表的三代测序技术在经过了多年发展后已经逐步趋于成熟。尽管当下该技术还有成本偏高、错误率较高、生物信息学分析软件不够丰富的问题，但其在读长、测序速度等方面都具有明显优势，三代测序设备已实现稳定性、小型化，未来随着准确度提升、平行测序能力和酶活性等问题的解决，第三代测序技术是未来发展的重要技术趋势，实现大规模商业化将是大势所趋。
具体到Sparc这一算法，根据文献我们认为其具有帮助提高测序精度、降低测序成本的可能性（特别是混合使用NGS和3GS数据时，或能够明显降低成本），值得给予北京什么白癜风医院最好北京哪治疗白癜风
