用primer5设计引物教程

最近有几位好友向我咨询primer5设计引物的教程，为了方便大家使用该软件设计引物，特地作此教程，版权归原作者所有（youlinglyw），转载请注明出处。

primer5是个非常有用的软件，基本上目前引物设计都是基于primer系列，如ncbi是基于primer3。我觉得在这些版本里，最好的是5,primer6我也安装了，但是感觉不如5那么好用，太过智能了些。我们需要的是一个介于自动和人工选择之间的一个软件。欢迎各位好友一起讨论。

下面，我认为大家已经安装好该软件如果没安装的话，可以去搜索软件简单安装。

psPremier由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能，顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。

首先打开软件左上角来操作file——new——dnasequence这一项可以把你复制的序列粘贴进去当然，你也可以选择另一个file——open——dnasequence去open一个新的文件。

在接下来的界面里复制你的序列，于是就将序列导入了

点击primer按钮（图中箭头）然后依次出现如下界面点击search进入下图界面开始设计引物在此图中有6个部分，红色数字标示1区，包括三部分，可以选择设计pcr引物，测序引物和杂交探针2区，搜寻模式，包括正链，反链等，我们一般选最后一项pairs，出来一组引物3区，引物的范围，上游引物所在范围，下游引物所在范围4区，pcr长度，根据需要设置5区，引物长度，这个是调整的重点，前面是长度，后面是±6区，选择模式，一般选auto，也可以手动

下面是一个设计我选择了正链位于1-内负链位于-内产物长度-引物长度为20±1bp输入后，出现下图界面共有0多条引物点击ok

出现下面图1区右上角部分，代表所有的引物，按照分数排序，为满分。我们选择第一条，那么左侧就出现了primer的相关信息2区正反链选择3区显示引物的信息，本引物正链有harpin结构（发夹），有dimer（二聚体），还有crossdimer（引物之间二聚体），效果不好一般primer5设计引物，都要最少得90几，我一般都设计到98以上，这样才可以。然后就是导出引物了如下图说是

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