您的当前位置：寡趣症 > 寡趣病因 > lncRNA定位编码能力and结合研究
lncRNA定位编码能力and结合研究
年，Jacob和Monod提出mRNA的概念后，各种各样调控RNAs分子的研究成为科研达人的新宠[1]。其中，lncRNA是一类不具有编码能力，可以协调遗传调控的类mRNA分子。目前，lncRNA的发现主要是通过以下三种途径（图1）：
传统的遗传学手段（如Xist、H19、HOTAIR以及植物中的HID1等）；
芯片方法（如乳腺癌、胰腺癌、肝癌等癌症相关的lncRNA等）；
高通量RNA-seq方法鉴定(新的lncRNA等)。
图1.lncRNA的发现途径
lncRNA的特点lncRNA除了长度以及编码能力特点外，还具有一其他特点:
1.组织特异性高，表达量相对低于mRNA;
2.部分lncRNA的3’端特殊化，不含有polyA尾巴（图2）[2]。（一般lncRNA测序选择去核糖体的方法，因为可以得到更全面的lncRNA）；
图2.哺乳动物中lncRNA的多样化[2]
3.lncRNA定位多样化，细胞核、核质、胞浆等（图3）[3]；屁股决定脑袋，位置决定功能，这个一定要看清楚哦。
图3.lncRNA定位[3]
lncRNA的作用模式lncRNA之所以大红大紫，是因为他有着强大而独特的功能，包括表观调控染色质沉默、转录调控、转录后调控影响剪切体的剪切或者竞争性结合miRNA影响靶基因的表达等(图4)[4]。
图4.lncRNA作用机制[4]
lncRNA的验证针对芯片或者RNA-seq测序得到的显著差异表达的lncRNA，后续需要一系列的实验验证。包括表达验证、功能验证以及关键的互作验证其作用机理（图5）。
图5.lncRNA的验证
lncRNA表达验证A.利用qRT-PCR验证差异表达的时候一定要注意，并不是所有的PCR产物反应的都是你要研究的lncRNA。所以在设计引物的时候一定要遵循以下建议：
cDNA质量一定要高，保证没有基因组DNA的污染；
按lncRNA类型排序,优先选择lincRNAintronlncRNAexonlncRNA(无重叠)；
按FPKM或readscount排序，优先选择表达量高的lncRNA；
按变化倍数排序，优先选择差异变化明显的lncRNA。
注：具体表达量或变化倍数，由整体测序深度和差异表达基因的数量决定。最好选择用于测序的cDNA去做PCR验证。退而求其次，用随机引物去反转cDNA，如果oligo(dT)反转，可能检测不到不含poly(A)的lncRNA。
B.Northern-blot既可以验证RNA的表达丰度又可以验证序列信息。但是呢，NorthernBlot比较繁琐，真的比较繁琐，而且精度不如qRT-PCR。
C.lncRNA全长获得
可以借助5’RACE和3’RACE试剂盒获得全长的lncRNA，对其结构做进一步分析。
D.lncRNA的定位
对于未知lncRNA，可以利用FISH(FluorescenceinSituHybridization)验证其亚细胞定位，一定要做，一定要做，一定要做，重要的事情说三遍，因为其亚细胞定位和调控功能有关，关系到后面缺失实验的成功。当然，也可以通过NorthernBlot粗略验证其是细胞核还是胞质定位，但是前提是可以分离到质量高的核RNA和胞质RNA。
利用RNA亚细胞定位数据RNALocate（北京学生治疗白癜风费用治疗白癜风最好的方法
