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基迪奥合作客户环状RNA高分文章发表
年3月以来CellResearch、MolecularCell等杂志接连报道了3篇内源性circRNA可以翻译蛋白质的研究，但对翻译的新蛋白生物学功能和分子调控机制仍不清楚。
8月29日，医院神经外科张弩副教授团队在国际顶级学术期刊美国国家癌症研究所杂志JNCI（JournaloftheNationalCancerInstitute，IF=12.）发表题为“NovelRoleofFBXW7CircularRNAinRepressingGliomaTumorigenesis”的论文，在国际上首次证实circ-FBXW7可以翻译一种抑制胶质瘤的全新蛋白质，并用功能学实验证明了新蛋白的分子机制，在肿瘤circRNA研究中具有里程碑意义！
基迪奥有幸参与该项目，配合完成了circRNA的高通量测序和生物信息学分析，准确鉴定和筛选了神经胶质瘤相关的circRNAs，并且出色完成客户的个性化分析和定制化图表的绘制，为后续功能学验证打好基础。
那么作为一篇以测序为基础，多种功能学实验结合的高分文章，究竟有哪些值得借鉴的思路和方法呢？下面我们为大家一一解读，重点讲解以下三点：
如何筛选和确定目标circRNA分子？
如何推测和证实circRNA翻译蛋白质？
如何研究circRNA翻译蛋白质的生物学机制？
发表期刊：《JNCIJNatlCancerInst》[1]
影响因子：12.
研究背景最近研究表明circRNA在发育，基因调控和癌症发生发展过程中发挥着重要作用，但circRNA直接编码蛋白发挥生物学功能的报道还很少，相关研究还有很大的空白。
研究思路研究结果1circRNA高通量测序和差异表达研究对脑胶质瘤临床组织标本进行circRNA深度测序及生物信息学分析挖掘，得到下机数据后，首先将会对其进行过滤，得到HQCleanReads。每个样品的HQCleanReads利用Botiwe2和TopHat分别与核糖体序列和参考基因组比对，从比对结果中提取UnmappedReads，然后截取每一条UnmappedReads的两端（默认20bp），得到AnchorsReads。用AnchorsReads再一次比对到基因组上，将得到的比对结果提交给find_circ软件鉴定出环状RNA。
总共发现了个circRNAs，其中个已经收录在circbase数据库中。大多数circRNAs（个）来源与外显子区域，其它来源于内含子，5’-UTR,3’-UTR区域或者antisensesequences。绝大多数circRNAs的长度小于bp，其中小于bp的数量最多。癌和癌旁中circRNAs的染色体分布没有明显差异，但是癌组织中circRNA整体表达丰度低于正常组（图1）。
图1.CircRNAs测序信息统计
2筛选和确定目标circ-FBXW7分子首先，通过上述circRNA深度测序及生物信息学分析挖掘，发现了一些在脑组织以及癌旁组织中有明显表达差异的circRNAs。
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