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PCR引物设计的原则
1、引物最好在模板cDNA的保守区内设计
DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。
2、引物长度一般在15~30碱基之间引物长度(primerlength)常用的是18-27bp,但不应大于38,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于TaqDNA聚合酶进行反应。
3、引物GC含量在40%~60%之间,Tm值最好接近72℃