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引物溶解与稀释建议
本文主要翻译自IDT:Tipsforresuspendinganddilutingyouroligonucleotides。
上一篇引物保存阅读数量不错,看来还是实用的小知识比较受欢迎,特此将剩余的一篇也翻译于此,希望小伙伴们将其记住,不然就打赏MP。反正不要白来,知识或者金钱,我总归希望你拿走或留下一种……
引物溶解
如果你收到的是引物干粉,那么你需要在使用前进行重悬溶解。大多数引物相对地容易溶解,然而,经过荧光基团或疏水基团修饰的寡核苷酸分子可能需要更多的时间才能溶解。
以下是来自我们的科学家的实用性建议:
在干燥过程中,寡核苷酸在EP管底部形成白色片状沉淀。鉴于运输过程中沉淀会飘起,在打开管盖之前进行简短离心这一步骤至关重要。省去这一步可能会导致产量降低,因为不在管底的引物干粉也许在你打开管盖那一刻就飞出而损失了。
如果重悬困难,可尝试在55℃加热1-5分钟,然后简短涡旋震荡。如果沉淀仍不溶,他们可能是三甲苯基团(片状)或者位于底部的受控孔玻璃(丸状,引物在其上开始合成)。这两者都不会影响引物性能表现,且都能被除去——过一遍SephadexG-50柱或者转移上清到一个新管内。
IDT引物通常以干粉形式运输(包括DNA和RNA)。但是,你可以要求在运输前将引物重悬。获得重悬引物的方法是使用OligoEntryorderingTool中的Normalization下拉菜单。在此我们可以选择Labready(uMIDTE,pH8.0),或者提供一个特殊的定制Buffer配方。
不要将引物暴露在高度酸性或者碱性的环境中。我们建议将引物溶解于TE溶液中,如IDTE,以保持稳定的pH,从而保证引物稳定性。另外可选的是,溶解引物于无核酸酶水中,pH7.0。
注意,对于长期保存,避免使用DEPC水或者去离子水溶解引物。这类水经常是酸性的(pH最低可达到5),因而可能随时间的延长造成DNA降解。
稀释成uM的储存浓度:
找到管壁标签或者引物报告单上的引物合成量(通常XXnmol)
这一数字乘以10
所得结果即为得到uM浓度引物的所需Buffer体积数(uL),
稀释成其它的储存浓度
找到管壁或者合成报告单上的引物合成量信息,通常,这将会以3种形式提供:浓度(OD),物质的量(nMol)或质量(ng)。
输入一种量形式于ResuspensionCalculator的Quantity框内。
在Finalconcentration框内,输入你想要的储存浓度。
点击Calculate.该工具将会算出达到目的浓度所需的Buffer/水的体积
稀释成使用浓度
从储存浓度稀释到使用浓度,非常简单。(以下几句话和上文类似,比较简单,懒得翻译了)
MasterP的补充:
大部分国内厂商提供的引物均为干粉。出于时效性考虑,也有厂商推广过提供“液体引物”,即稀释成uM的引物,但是因为实验者的固定习惯,并没有完全地普及。MasterP在此想说的是,液体引物普及不了,实验者习惯当然是一方面的原因,传统地或者感性的认知中,干粉要比溶解了的引物更稳定。另一方面是国内案件系统对液体的警惕性要大于固体,液体运输必然受限——比如不能空运。
DNA和RNA最好保存于接近生理pH范围内。如之前的核酸严谨性的篇章中所述。核苷酸在酸性条件下容易脱嘌呤,尤其是pH低于5.5时特别迅速。而高pH容易造成双链解离。使用NaOH变性DNA的方法相当普及,但对于RNA来说,不要储存于pH大于8.6的溶液中,除非你想毁了它!寡核苷酸和基因组DNA或RNA,只是长度不同,化学性质还是一样的。由此,对于DNA或RNA引物的处理,也可联系到DNA或者RNA提取的知识。生物科学实验者不可不记住这些通识性的知识点呀!
另外一些关于生物计算的可用工具是NEBtools,使用苹果iOS系统的小伙伴可以在iPhone或者iPad上下载使用(安卓恐怕不好找)。或者直接PC端网页访问:什么药治白癜风石学敏丹芪偏瘫胶囊