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你想了解更好的三代测序吗
在这个黑暗的周一,小编给大家介绍一款新生代的小鲜肉:三代——PacbioSMRT测序技术。(接下来这段话读之前一定要先深吸口气!)
单分子实时测序(SMRT):它建立在零模波导孔(Zero-ModeWaveguides,ZMWs)和荧光标记核苷酸3′端磷酸(利于维持DNA链连续合成)两项核心技术上,无需模板扩增。DNA聚合酶被固定在ZMW底部,与单个DNA模板分子结合,4种不同荧光标记的碱基(dNTP)通过布朗运动随机进入检测区域并进行碱基配对,与模板配对的碱基生成化学键的时间远远长于其他碱基停留的时间,统计荧光信号存在时间的长短,可区分配对碱基与游离碱基,而根据荧光的波长与峰值可判断配对碱基的类型,由此可测定DNA模板序列。(因为这段话,真的好长、好长、、、)
目前使用最广泛的三代测序平台是PacbioRSII平台,新的平台PacbioSequel也因通量大、总成本低等优势逐渐升温。
随着三代君的不断成熟和成本的不断降低,三代欧巴成为网红的趋势越来越明显,研究的物种也越来越多。
文章汇总优势和局限对于其优势,我们当然要充分利用!三代测序技术在denovo测序的应用已经相对成熟,能够在多个方面帮助denovo测序的研究:
能对高重复序列、转座子区域与高度变异区域等基因组的复杂区域进行高水平组装
ContigN50和ScaffoldN50长度更长,组装结果更完整准确
以多种组装策略有效应对复杂基因组,结合多组学联合分析,深入挖掘物种生物学亮点,而诺禾致源团队则将这些优势进一步实现。
如何实现这种优势?
首先,除了利用纯三代数据进行组装分析,还开发出高性价比的2+3流程,以及Pacbio+Bionano、Pacbio+Hi-C等多种策略,满足客户不同目的需求
其次,无论测序reads读长有多长,都需要高质量的组装,诺禾致源组装技术一直处于领先地位,利用三代数据获得更加高指标高质量的组装结果以支撑后续研究
最后,仅仅是高质量的组装序列已不能成为冲刺高分文章的绝对资本,还需要深入的生物学分析及研究亮点
诺禾致源团队曾发表多篇高分文章,分析经验丰富,能够使优质的三代测序数据得到最充分的利用,生成最优的生物分析结果。
组装策略及指标对于三代的劣势,我们要强力应对
三代测序价格高?
除了高性价比的2+3组装策略,诺禾致源还与具有丰富三代测序经验的公司(天津芯片)达成战略合作,平台更稳定,价格超优惠(具体合作内容请看这里~诺禾致源与天津芯片达成深度战略合作)。
三代测序样本要求高?
诺禾致源团队拥有成熟的DNA样本提取技术、微小基因组扩增技术,从容面对三代测序较高样本要求。
优势变强势,局限已克服,那还有什么可犹豫的呢?如果您有想法,欢迎联系我们,诺禾致源将为您提供科学而出众的三代测序分析服务~
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刘亚茹(Denovo事业部)丨文案
王钢丨编辑
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