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如何快速从转录组结果中挑基因设计引物
基迪奥的技术咖又分享干货了,今天的主题是:如何快速从转录组结果中挑基因设计引物。
如何快速的从转录组结果中挑选unigene设计引物的呢?一起来看看教程~
StepOne:调取unigene序列信息以某个转录组denovo结果为例,存放unigene序列的文件一般放在assembly文件夹中,有个以fa文件结尾的文件就是啦。例如文件路径:
\Denovo_Upload\assembly\Unigene\Unigene.5-3.fa
大家设计引物最好找已确定unigene方向的5‘-3’的fa文件的基因,在denovo结果里面,也在assembly文件夹中。
例如下面两个图分别是同一个unigene在fa文件与5‘-3’的fa文件中的形式。Unigene.fa用EditPlus打开,fa文件中是没有确定方向的序列。5‘-3’的fa文件中序列以5‘-3’的形式固定了下来。可看到图中同一基因序列反向互补,在5‘-3’的fa文件中确定了基因方向,是以5‘-3’形式显示基因序列的。
接下来我们以Unigene为例,查找序列。
这一步是查找Unigene。
找到了Unigene点鼠标右键把序列复制下来。
StepTwo:引物设计为什么用NCBI设计引物呢?技术咖说,因为在线方便啊。其它的引物设计软件要下载安装,而且好不容易在网上找到个安装包,结果安装的时候发现不是破解版,要什么验证码之类的,好麻烦。
我们首先打开NCBI主页北京市白癜风北京哪家医院治白癜风费用少