lncRNA引物设计的难点

LncRNA引物到底和mRNA引物设计有什么不同？

序列提供的数据库更多样；

mRNA序列通常在ncbi的库里就可以找得到，而lncRNA数据库，就比较多了；

建议客户提供二代测序的测序结果或者基因芯片筛选后的探针序列，方便进行引物设计；

序列更复杂，需要更加明确的基因比对；部分序列由于和mRNA某转录本序列太接近，而不能设计相应的QPCR引物；

根据序列比对情况，可以明确，是否可能设计特异的lncRNA，或者设计的引物同时会检测其他基因；

实验可能会更复杂，部分lncRNA可能不含polyA尾，所以在常规的CDNA中不含；需要以RNA为模板，直接进行特异性逆转录和检测；

在样本中可能含量很低，需要更灵敏的检测方法；

联系我们