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按照氨基酸序列设计寡核苷酸的原则
按照多肽的氨基酸序列来设计PCR引物或杂交探针是最常用的实验手段，尤其是在试图“钓取”一个蛋白质的基因时。此时要注意的问题有：
(1)宁可用简并引物，也不用猜测的引物。氨基酸密码子的简并性给予引物设计以可塑性，这比用猜测的密码子要好得多。有人用个简并引物得到很好的结果。
但是，应当避免在一个区域内有很高的简并性。但也有简并性低使引物不工作的报道。
(2)引物与模板的错配。一般认为，所用引物与模板有15%～20%的错配，PCR的效果还能接受。但是，引物3′末端的错配比同样错配率的5′末端错配会引起更严重的问题。
在最后4个碱基中有2个错配的引物，其PCR产量急剧下降。但是，当核苷酸浓度高时，3′末端有错配的引物还能被Tag聚合酶很好地利用。在0.8mmol/L时，大多数3′末端错配引物可以接受，虽然非专一产物比较多，DNA合成的忠实性也下降。即使在低核苷浓度下，还会有少量从错配碱基出发的合成，因此，在开始的PCR循环中把退火时间增加到3～5分钟，比之于用标准退火时间和高浓度核苷酸能够产生质量更好的所求产物。
(3)在用唯一性引物时，建议用0.2mmol/L或更低的总核苷酸浓度，因为高浓度会增加错误参入的比率。
(4)简并寡核苷酸时，PCR应当在比较高的引物浓度下进行，即1～3μmol/L而不是0.2μmol/L，因为在反应混合物中的大多数寡聚物并不是被用来引发专一的反应，而只是产生高的背景而已。
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