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不会设计引物肿么破来这里呀
老板喊你做PCR了!!!话说有一天晚上,boss张看见小编在操场闲逛,于是第二天小编就被召唤了,“快回来做实验,不要老是去压操场啊”哈哈哈,大家说说boss张逗不逗。于是就有后面的故事了....
做PCR????这是什么鬼啊!实验室的蒙奇奇告诉小编,就是聚合酶链式反应啊!来吧让蒙奇奇告诉大家怎么设计引物做PCR,进入主题了不编故事了。
相信刚进入研究生生活的菜鸟们很恼火,到底怎么设计引物啊,相信你看了这个干货之后就明白了哈哈哈。引物(primer),就是一小段单链DNA或RNA,是DNA复制的起点,有了这个小小的引物才能延伸出我们需要的DNA序列(小小的东西往往发挥穿针引线的作用)。现在设计引物有很多种方法,比如各种软件DNAman、Primer5.0、Snapgene、NCBIWebTool等,这期主要讲述用NCBIWebTool这个在线数据库设计引物。
首先你要下载自己要P的序列,当然了有很多的数据库可以选择,比如NCBI、Photozome、MaizeSeq(玉米研究)。下面以fea2这个有关玉米穗突变的基因为例来说明整个过程:
首先进入phytozome,首先输入基因ID,物种选择,点击GO
点击进入之后,延伸序列的上下游(这里延伸长度按照实际情况选择)
之后进入NCBI主页点击Blast
接着点击PrimerBlast
粘贴以得到的序列,修改引物结合范围,例如这个fea2这个基因长bp,上下延伸bp之后,上游引物结合位置为1-,下游结合位置为+到;修改相应的产物大小
数据库的选择还有物种的选择
得到了10对引物序列,我们要选择结合位点好,GC含量适当的引物,3’末端是A或者T的引物最好不要选择
按照一下格式将所有引物序列粘贴到Word中
打开gramene,将上述序列粘贴到指定位置
选择物种,修改E值
点击run,一切都搞定,选择我们需要的引物,可以无忧无虑的做PCR了
唉吆喂,累死小编了啊,希望能帮助大家的实验!