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不会设计引物肿么破来这里呀植物
老板喊你做PCR了！！！话说有一天晚上，boss张看见小编在操场闲逛，于是第二天小编就被召唤了，“快回来做实验，不要老是去压操场啊”哈哈哈，大家说说boss张逗不逗。于是就有后面的故事了....
做PCR？？？？这是什么鬼啊！实验室的蒙奇奇告诉小编，就是聚合酶链式反应啊！来吧让蒙奇奇告诉大家怎么设计引物做PCR，进入主题了不编故事了。
相信刚进入研究生生活的菜鸟们很恼火，怎么到底怎么设计引物啊，相信你看了这个干货之后就明白了哈哈哈。引物（primer），就是一小段单链DNA或RNA，是DNA复制的起点，有了这个小小的引物才能延生出我们需要的DNA序列（小小的东西往往发挥穿针引线的作用）。现在设计引物有很多种方法，比如各种软件DNAman、Primer5.0、Snapgene、NCBIWebTool等，这期主要讲述用NCBIWebTool这个在线数据库老设计引物。
首先你要下载自己要P的序列，当然了有很多的数据库可以选择，比如NCBI、Photozome、MaizeSeq（玉米研究）。下面以fea2这个有关玉米穗突变的基因为例来说明整个过程：
1、首先进入phytozome主页，如下图所示，输入基因ID，选择物种，点击GO。
2、点击进入之后，延伸序列的上下游（这里延伸长度按照实际情况选择，小编一般上下游延伸bp）
3、之后进入NCBI主页点击Blast
4、接着点击PrimerBlast
5、粘贴以得到的序列，修改引物结合范围，例如这个fea2这个基因长bp，上下延伸bp之后，上游引物结合位置为1-，下游结合位置为+到；修改相应的产物大小。
6、数据库的选择还有物种的选择，点击GetPrimers
7、得到了10对引物序列，我们要选择结合位点好，GC含量适当的引物,3’末端是A或者T的引物最好不要选择。在这个界面可以看到所有引物的各种参数：长度、TM、GC含量、结合起始位置等等。
8、按照一下格式将所有引物序列粘贴到Word中
9、打开gramene，将上述序列粘贴到指定位置。
10、选择物种，修改E值，之后点击Run。
11、点击Run之后一切都搞定，我们要选择那些结合位点单一的引物，最好每次合成2至3对引物回来，选择特异性最好的引物
唉吆喂，累死小编了啊，希望能帮助大家的实验！
这只是我做pcr时设计引物总结的东西，只适合于植物方面的引物设计，有什么不对的地方还请大家指出来，谢谢！
作者简介：何伟强，现就读于四川农业大学玉米研究所硕士一年级。
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