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SSR分子标记就这么简单
本期小编将向大家传授一个独家秘笈
它可以让繁琐的SSR分子标记筛选
更省时、省力、省心!
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我们知道,SSR分析工作主要包括筛选合适的引物,上群体和数据分析。那如何让这些繁琐的工作更省时、省力、省心呢?
1筛选引物筛选引物是指选择在父本和母本样本中扩增有长度差异的,F1和亲代具有同显性的引物。8%-10%的聚丙烯酰胺小板胶一般用于分离10-20bp差异以上的PCR产物,大板胶用于分离5-6bp差异的PCR产物,受限于marker和人工读带的需求,一般主要选取扩增条带差异较大的引物对,小板胶从做胶到看带需要9个小时,筛选引物是分子标记工作中的限速环节。一般最后筛选出一半可用的引物对,对于下游采用如/XL的用户,如果所有引物都荧光标记后上机筛选,会显著增加成本。
使用QIAxcelAdvanced全自动核酸分析系统可以实现3-5bp的高分辨率,大板胶的分辨率,仅需17分钟获得传统电泳9小时的实验效果,操作上可实现普通PCR产物直接上机,无需荧光标记引物,节省成本,可实现通量灵活,随时有一批引物就筛选一批,以适应各种灵活的工作安排。
QIAxcel甚至可以有效区分相差仅2bp的父本和母本的扩增产物,高分辨率确保可将杂合子后代中分别来自亲代的条带分离,相对传统电泳,可以选入更多仅具微小差别的引物,发现更多引物多态性。
2上群体上群体是指用筛选获得的引物扩增数百至数千后代群体样本,而传统聚丙烯酰胺凝胶电泳操作繁琐耗时耗力,需接触有毒试剂,结果的准确性有时不能保证。
使用QIAxcelAdvanced,一天工作时间以8:00AM至6:00PM计算:分辨率3-5bp需求,采用OM,一台QIAxcel可完成个样本的电泳和分析,分辨率20bp需求,使用AM,一台QIAxcel可完成个样本的电泳和分析,电泳期间,由于QIAxcelAdvanced人工干预操作十分少,用户可以全天都做PCR,避免了传统聚丙烯酰胺凝胶电泳因人工干预较多,基本不把PCR和跑胶安排在同一天进行的情况,可显著提高工作效率。
3数据分析数据分析是指分别对每一对引物人工判读统计后代群体的基因型,人工录入表格后上传作图软件,而人工整理数据录入耗时,容易发生错误,QIAxcel自动数据判读和兼容下游分析软件的输出方式,直接导出CSV格式,避免人工录入发生错误。
可以说让SSR分子标记筛选的每个关键点能够更省事、省力和省心的源头在于使用QIAxcelAdvanced全自动核酸分析系统。下面让小编带您来详细了解这台机器的神奇之处吧。
QIAxcelAdvanced能够为您提供QIAxcelAdvanced全自动核酸分析仪取代常规的PAGE胶,直接使用预制胶卡夹,无需洗板制胶,点样,长时间的电泳,染胶和人工分析条带,免除了手工制胶的费时与繁琐。仅需将PCR产物直接放进仪器,结果自动分析,操作便利,避免了人为操作的误差。
更重要的是,QIAxcelAdvanced有着3–5bp的高分辨率,检测的灵敏度可达0.1ng/μl核酸,且高速的毛细管电泳一般可在10分钟内结束电泳的全过程。STR等需要较高分辨率的电泳从此就无需再配制高难度的PAGE胶,亦无需等待数个小时,10分钟内即可完成从样品到结果的输出。
?全自动
?96个样本自动上样
?全自动数据记录和胶图输出
?全自动条带大小和浓度分析
?快速
?3–10分钟内分析12个样本
?高通量
?每批可操作多达96个样品
?高分辨率
?可分辨3–5bp的差异
?低样品消耗量
?不足0.1μl
?方便
?使用预制胶卡夹
?安全
?减少与有害化学物的接触