玉米丝黑穗病菌基因组SSR信息分析及其引

王雪梅1，李新凤2，路平3，王建明*

（山西农业大学农学院，山西太谷）

第一作者简介：王雪梅（-），女(汉)，山西和顺人，硕士，研究方向：病害生理及分子病理学。

摘要

探讨玉米丝黑穗病菌（Sporisoriumreilianum）基因组序列中SSR位点的分布与组成特点，为开发可用于玉米丝黑穗病菌遗传多样性分析的Genomic-SSR标记奠定基础。从NCBI公共数据库下载玉米丝黑穗病菌的23条染色体基因组序列，利用SSRIT在线软件对第4、5、6、7条染色体进行SSR位点的搜索，并利用Primer3.0软件设计Genomic-SSR引物。结果表明：在玉米丝黑穗病菌基因组序列的第4、5、6、7条染色体中，共搜索到个SSR位点，平均每条染色体出现79个SSR位点，其总长度为6.89kb，占基因组总长的0.21%，大约每10.3kb中就有一个大于18bp的SSR序列。其中，主要的重复类型是三核苷酸重复单元，占全部SSR的53.94%（个），其次为二核苷酸重复单元，占全部SSR的16.09%（51个）。数量最少的是六碱基重复单元，为17个（5.36%）。出现频率最高的的重复基序为（GCA/TGC）n（13.25%），其次是（AGC/GCT）n和（CAG/CTG）n，出现频率分别为8.52%、8.20%。并在此基础上，利用Primer3.0在线软件设计了40对SSR引物。玉米丝黑穗病菌基因组序列中SSR位点丰富，具有发掘玉米丝黑穗病菌SSR标记的潜力。

关键词：玉米丝黑穗病菌；基因组；SSR；引物设计

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