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微生物18SrRNA区域和引物的选择对研
核糖体RNA基因（rDNA）扩增子的高通量测序技术的发展，成为大规模的研究微生物群落多样性和结构很有利的方法。目前，高通量测序技术对读长有严格的要求，并且读长都比较短，因此扩增子的区域选择成为研究群落结构很关键的因素。目前，已经有很多报道针对细菌16SrDNA区域和引物的选择进行研究，但真菌18SrDNA的却很少。本研究基于该思路，研究了18SrDNA区域和引物的选择对研究真菌群落多样性的影响。
本研究首先使用SILVAdatabase筛选出真核生物的序列，分析了31,条18SrDNA序列，并使用DegePrime软件进行引物设计。之后使用计算机模拟PCR扩增反应，并使用MiSeq和两种测序平台的策略，对引物的扩增效果以及物种注释情况进行评估。结果表明，引物*F-R扩增得到的V4-V5区域最有利于真菌多样性的研究。
图1不同区域产物在不同分类水平上的注释结果（绿色：注释到中的；黄色：注释到属的；橙色：注释到属以下；红色：注释不到结果的）
为了进一步的验证上述的结果，本研究还进行了样品的实际分析，选取了海水、土壤、废水底泥、人粪便、酵母（阳新对照）、大肠杆菌（阴性对照）不同类型的样本，利用*F-R引物进行18SrDNAV4-V5的扩增，MiSeq测序平台进行测序。分析结果证明上述研究发方法可以反应不同样本中的真菌群落多样性和结果特征。
图2不同环境样本中的真菌物种分类情况
参考文献
LuisaW.Hugerth,EmilieE.L.Muller,etal.SystematicDesignof18SrRNAGenePrimersforDeterminingEukaryoticDiversityinMicrobialConsortia[J].PLOSONE,.
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