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突破丨浙大郭国骥组Cell报道首个哺乳



长久以来,生命科学的研究主要基于群体细胞水平的分析,而且对于难以获得大量研究材料的早期胚胎发育研究来说存在许多困难。近几年所涌现的单细胞组学技术,使我们能够从单细胞水平上更为精确的解析细胞的分化、再生、衰老以及病变。单细胞组学技术正在带来一场细胞检测、分类和鉴定的方法学革命,其应用范围从早期胚胎发育扩大到组织器官发育、血液系统、免疫和肿瘤等多个领域。

最近几年出现的用于高通量单细胞分子表达谱(high-throughputsingle-cellmolecularprofiling)的方法催生了科学共同体的一些共识,认为目前完成年来鉴定人体所有细胞类型的努力的时机已经成熟,并提出了“人类细胞图谱计划”(“TheHumanCellAtlasProject”),要对人体以及相关的模式动物所有的器官系统进行单细胞测序分析,鉴定出所有的细胞类型及其基因表达谱特征(下图)。

浙江大学医学院的青年才俊、80后教授郭国骥博士从十年前的博士期间就开始了对单细胞组学的探索,其博士期间的代表性论文首次利用单细胞系统生物学的方法解析了小鼠的着床前胚胎发育全过程,论文中的单细胞数据聚类、降维、分群和拟时序分析等方法一直沿用至今。在哈佛医学院博士后期间,他对更为复杂的小鼠血液系统进行单细胞图谱的绘制工作,并建立了新的造血干细胞分化模型。回国后其迅速组建团队并率先从单细胞水平上解析了小分子化合物组合诱导体细胞重编程的分子过程,这似乎只是牛刀小试。

北京时间,2月23日凌晨,浙江大学医学院干细胞与再生医学中心郭国骥团队在Cell杂志上发表了题为“MappingtheMouseCellAtlasbyMicrowell-seq”的研究论文,利用自主开发的一套完全国产化的Microwell-seq高通量单细胞测序平台,该团队对来自小鼠近50种器官和组织的40余万个细胞进行了系统性的单细胞转录组分析,并构建了首个哺乳动物细胞图谱。此外,在提升现有单细胞技术精确度的同时,该新技术的出现还使得单细胞测序文库的构建成本降低了一个数量级。可以说,该论文可称得上是单细胞组学领域里程碑式的研究成果。鉴于该成果的重大意义,BioArt特别邀请到了从事单细胞测序研究的北京大学汤富酬教授和军科院刘兵研究员做精彩点评,以飨读者!(温馨提示:文末有彩蛋!)

人体由多种不同类型的细胞构成,每种细胞都有自己独特的基因表达特点。而且即使是同一类型的细胞,由于所处微环境以及基因表达机器的随机性也会呈现显著的细胞异质性(cellularheterogeneity)。

二代测序技术的发展,使得研究人员可以进行高通量、低成本的转录组测序分析,然而这种常规的RNA-Seq技术需要上万个细胞,而且所获得的结果是一个大细胞群体基因表达的均值,难以从单细胞水平弄清楚基因表达的异质性。由于测序技术的飞速发展与突破,研究人员目前可以使用高效、低廉的测序方法在单细胞水平对全基因组、转录组、DNA甲基化组等进行深入分析。值得一提的是,北京大学汤富酬教授在博后期间基于前人单细胞cDNA扩增的方法首次报道了基于高通量测序的单细胞RNA-Seq技术,分析了来自小鼠四细胞胚胎阶段单个卵裂球的转录组。

在最新的这项研究中,全面的涵盖了哺乳动物体内的各种主要细胞类型,并对每一种器官内的组织细胞亚型,基质细胞亚型,血管内皮细胞亚型,和免疫细胞亚型进行了详细的描述,绘制了一幅精美的“细胞地图”。研究发现来自于不同组织的基质细胞,拥有完全不同的基因表达特征,对组织特异性微环境行使重要的调节作用。同时该项工作构建了小鼠单细胞转录组数据库以及小鼠细胞图谱网站(







































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