经典实验PCR系列PCR引物设计

PCR引物设计

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。

一引物最好在模板cDNA的保守区内设计

DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。

二引物长度一般在15-30碱基之间

引物长度（primerlength）常用的是18~27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

三引物GC含量在40%~60%之间，Tm值最好接近72℃