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如何根据表达谱芯片数据巧妙设计定量PCR
有朋友做完表达谱芯片寻找到有差异表达的基因后，设计引物定量PCR验证会发现对照样本与处理样本无显著性差异？这究竟是怎么回事呢？大多数的芯片分析数据是这样的从上表里我们看不到各个样本具体的表达水平，只能看到平均的数据，其实我们可以通过boxplot查看每个样本单个基因的表达更进一步地，我们还可以看到每个样本每个探针的表达量，实际上每个基因的表达量是通过很多探针计算而来，并且由于探针效应，每个基因上每个探针的表达量的差异很大，如下图其中棕色的代表基因上的每个外显子，蓝色表达转录本，从上图可以看到该基因的左边信号值比较低，右边的信号值比较高，这是用R语言的软件FIRMA包实现的。我们看一下常见的内参基因ACTB的信号值该基因在左边信号值有很大的变异，设计引物时需避开该区域，而GAPDH相对来说就好很多，当然也要避开中间信号值比较低的区域。同样的如果我们需要验证某基因时可以先看一下该基因在不同处理组的探针信号值，针对性设计验证引物，提高验证的准确性。
来源于：基因游侠
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